近来，中国农业科学院蔬菜花卉研讨所蔬菜分子规划育种团队和辣椒育种团队联合构建了辣椒基因组的高质量完结图，相关效果以“The Gap-free Genome of Pepper Reveals the Transposable Element-driven Expansion and Rapid Evolution of Pericentromeres”为题宣布在《植物通讯 （Plant Communications）》上。

  辣椒（Capsicum annuum L.）是全世界内广泛培养的蔬菜作物和调味品。辣椒基因组超越3 Gb，是其他常见茄科蔬菜如西红柿、马铃薯基因组的3至4倍，基因组高度杂乱。一年生辣椒培养种“遵辣1号”（Zunla-1）于2014年完结了全基因组草图（V2.0），是辣椒研讨最常用的两个参阅基因组之一。但受限于其时的测序技能，Zunla-1_V2.0基因组的连续性和完结度较低。

  该研讨使用HiFi、Ultra-long和Hi-C等测序技能组装了Zunla-1基因组，巨细为3.08 Gb，co

  ntig N50 为167.63 Mb，成功获得了完好无空隙（gap-free）、从端粒到端粒（T2T）的辣椒Zunla-1_v3.0基因组。基因组重复序列份额约为84%，共注释到39,068个基因，并判定了很多抗病基因簇。辣椒着丝粒不具备典型卫星序列，依据着丝粒特异性三维互作形式，成功判定了悉数12个着丝粒。结合序列、表观和三维基因组学等特征，将染色体划分为端粒区、臂区、近着丝粒区和着丝粒区。研讨之后发现，辣椒的近着丝粒区域显着膨大，基因稀少且富集Gypsy反转座子，而Copia反转座子则相对富集在臂区，这种差异性散布或许与其表观润饰形式相关。此外，近着丝粒区在物种间和物种内的差异都较其他区域更大，提示了重复序列导致的辣椒近着丝粒的膨大，促进了该区域的高可变性。该研讨发布的辣椒参阅基因组 Zunla-1_v3.0，比较从前版别质量显着提高，将为往后的辣椒功用基因组学研讨与分子育种等供给高效支撑（

  中国农业科学院蔬菜花卉研讨所张亢研讨员、博士研讨生王翔、陈姝敏副研讨员为论文的一起榜首作者，程锋研讨员和王立浩研讨员为论文的一起通讯作者。中国农业科学院农业基因组研讨所阮珏研讨员参加了项目研讨。该研讨得到了蔬菜生物育种全国重点实验室、国家自然科学基金、中国农业科学院科学技能创新工程与根本科研业务费等项目的赞助。